GSJK Makassar memiliki struktur organisasi berlandaskan Alkitab yang uraian rinciannya sebagai berikut:
Kepala: Kristus (Matius 16:18; 28:18; Kolose 1:18; Efesus 1:22,23)
Kristus adalah satu-satunya Kepala jemaat-Nya baik secara universal (jemaat-jemaat lokal di seluruh dunia yang memiliki sistem pemerintahan otonom yang sama) maupun secara lokal (satu jemaat lokal di daerah tertentu) di zaman Kekristenan. Kristus memerintah gereja-Nya secara universal dan lokal di surga. Perjanjian Baru adalah hukum tertinggi dalam pemerintahan-Nya, yang mengatur segala sesuatunya secara mutlak.
Penatua-Penatua: Orang-orang Kristen laki-laki yang memenuhi persyaratan dalam 1 Timotius 3:1-7; dan Titus 1:5-9.
Jumlah penatua untuk satu jemaat lokal harus jamak, sedikitnya dua orang (Kisah Para Rasul 14:23; Titus 1:5; Efesus 4:11). Para penatua dapat memimpin selama mereka tidak melanggar atau masih memenuhi persyaratan dalam 1 Timotius 3:1-7 dan Titus 1:5-9. Penatua jemaat memiliki beberapa sebutan lain, yaitu penilik jemaat (Filipi 1:1) gembala jemaat (Efesus 4:11; Kisah Para Rasul 20:28). Sebutan-sebutan ini menekankan jabatan fungsional para penatua dalam jemaat lokal. Untuk mengetahui selengkapnya tentang kepenatuaan dalam Jemaat Kristus, siapapun dapat membaca artikel-artikel berikut ini:
Diaken-Diaken: Orang-orang Kristen pria yang memenuhi persyaratan dalam 1 Timotius 3:8-13.
Jumlah diaken untuk satu jemaat lokal juga harus jamak, sedikitnya dua orang (1 Timotius 3:8; Filipi 1:1; Kisah Para Rasul 6:2,3). Para diaken dapat menjalankan fungsi mereka selama tidak melanggar atau masih memenuhi persyaratan dalam 1 Timotius 3:8-13. Para diaken tetap exist selama para penatua masih exist dalam satu jemaat lokal. Para diaken pada dasarnya bekerja membantu para penatua, khususnya dalam bidang kebajikan. Mereka juga dapat melakukan pelayanan-pelayanan lainnya, di antaranya berkhotbah, mengajar kelas-kelas Alkitab, memimpin pemakaman, mengukuhkan pernikahan.
Penginjil: Orang-orang Kristen laki-laki yang dewasa dan setia (Efesus 4:11: 1 dan 2 Timotius; Titus).
Penginjil dalam sebuah jemaat lokal bisa satu ataupun jamak, tetapi haruslah seorang Kristen laki-laki (1 Timotius 2:12; 1 Korintus 14:34). Kitab 1 dan 2 Timotius serta Kitab Titus membahas secara detail tentang pekerjaan penginjil. Penginjil dapat bekerja di jemaat lokal selama dia tetap setia, dan atas dukungan jemaat dapat menjadi misionari di daerah pelayanan tertentu.
Pengajar atau guru Alkitab: Orang-orang Kristen yang dewasa dan setia (Efesus 4:11)
Para penatua, para diaken, penginjil jemaat lokal dapat menjadi pengajar, tetapi tidak semua pengajar atau guru Alkitab bisa menjadi penatua, diaken dan penginjil. Para pengajar atau guru Alkitab dibagi dalam dua bagian:
- Guru Alkitab Laki-laki
Berdasarkan amanat agung Kristus dalam Matius 28:20 pendidikan bagi jemaat adalah tanggung jawab jemaat lokal. Guru Alkitab pria dapat mengajar anggota jemaat pria dan wanita dan anak-anak dalam jemaat melalui Kelas Alkitab Pria, Kelas Alkitab Dewasa (pria dan wanita), Kelas Petobat Baru, Kelas Prospek Injil, Kelas Pelatihan Jemaat, Seminar Jemaat, dan Sekolah Minggu.
- Guru Alkitab Wanita
Berdasarkan otoritas dalam 1 Timotius 2:12; 1 Korintus 14:34, wanita memiliki batasan dalam pelayanan umum jemaat lokal. Namun demikian, anggota jemaat wanita sangat dibutuhkan dalam bidang pendidikan jemaat lokal, khusus untuk kaum wanita dan anak-anak. Guru Alkitab wanita dapat mengajar kaum wanita Kristen dan anak-anak jemaat yang belum dibaptis melalui Kelas Wanita, Kelas Pelatihan Wanita Kristen, Seminar Wanita, dan Sekolah Minggu.
Anggota Jemaat: Orang-orang yang sudah lahir baru dan terus bertumbuh dalam kerohanian (Matius 28:19-20; Kisah Para Rasul 2:41; 47;dll).
Paulus berkata, "sampai kita semua telah mencapai kesatuan iman dan pengetahuan yang benar tentang Anak Allah, kedewasaan penuh, dan tingkat pertumbuhan yang sesuai dengan kepenuhan Kristus, sehingga kita bukan lagi anak-anak, yang diombang-ambingkan oleh rupa-rupa angin pengajaran, oleh permainan palsu manusia dalam kelicikan mereka yang menyesatkan, tetapi dengan teguh berpegang kepada kebenaran di dalam kasih kita bertumbuh di dalam segala hal ke arah Dia, Kristus, yang adalah Kepala. Dari pada-Nyalah seluruh tubuh, -- yang rapi tersusun dan diikat menjadi satu oleh pelayanan semua bagiannya, sesuai dengan kadar pekerjaan tiap-tiap anggota -- menerima pertumbuhannya dan membangun dirinya dalam kasih" (Efesus 4:13-16).
Para penatua, para deaken, para penginjil, para guru Alkitab, anggota-anggota jemaat dan anak-anak dalam jemaat, secara keseluruhan adalah anggota jemaat lokal milik Kristus. Namun yang membedakan di antara mereka adalah tingkat kedewasaan rohani dan fungsi. Anggota-anggota jemaat yang baru lahir secara rohani akan mengalami pertumbuhan rohani secara progresif dengan mengikuti kelas-kelas Alkitab sesuai tingkatannya menuju kepada kedewasaan iman penuh (Efesus 4:11-16), yang di kemudian memiliki kesempatan dan kehormatan berfungsi sebagai penatua, diaken, penginjil, atau guru Alkitab.
Dalam masa pertumbuhan ini, anggota-anggota jemaat akan mendapatkan pendidikan dan pelatihan yang memadai untuk pelayanan dalam jemaat lokal. Ada banyak pelayanan yang sama pentingnya dengan fungsi-fungsi lain di hadapan Allah. Anggota-anggota jemaat akan diberikan kesempatan untuk melakukan pelayanan sesuai dengan talenta dan grafik signifikan pertumbuhannya masing-masing. Pelayanan-pelayanan yang bisa dilakukan anggota-anggota jemaat diantaranya adalah membersihkan gedung dan halaman gereja atau tempat ibadah, membagikan buku-buku nyanyian rohani, menyambut tamu, melayani tamu jemaat yang membutuhkan bantuan tertentu, memberikan slip pelayanan pribadi kepada tamu jemaat non anggota, mempersiapkan roti dan anggur perjamuan, membersihkan wadah perjamuan, menghitung kolekte, membagikan traktat kepada teman dan yang lainnya, memperkenalkan orang-orang yang mereka kenal untuk diinjili, mengambil pelayanan bagian-bagian ibadah, dan masih banyak lagi pelayanan lainnya.
Kepemimpinan Jemaat yang dirancang oleh Allah adalah full eldership atau di bawah kepemimpinan mutlak para penatua yang tunduk kepada otoritas Kristus. Dan mungkin saja sebuah jemaat lokal yang baru dimulai belum dapat memiliki kepemimpinan full eldership. Meskipun demikian, jemaat lokal tersebut tetap alkitabiah, karena dari segi organisasi setiap jemaat lokal memiliki visi full eldership itu dan akan terus bertumbuh untuk mewujudkannya. Jemaat yang belum memiliki kepemimpinan full eldership masih dalam tahap kepemimpinan yang bersifat konsensus atau kepemimpinan rapat jemaat lokal, dimana semua keputusan diambil bersama oleh semua kaum pria yang dewasa dalam iman. Kaum wanita dapat memberikan masukkan dan gagasan. GSJK Makassar masih menjalankan kepemimpinan rapat jemaat lokal saat ini.
Allah menghendaki "segala sesuatu harus berlangsung dengan sopan dan teratur" dalam gereja Kristus (1 Korintus 14:40)